李渊还是低估了关陇贵族对于自身利益维护，高看了自己对李唐王朝的掌控，导致他天真的认为失去诸多家主之后，各家私人部曲是一盘散沙，不成气候，这才悠哉悠哉的坐等囚禁在独孤府的关陇贵族发生内讧，然后以和平手段收回各家军队为己用。孰料，就在他囚禁了诸多关陇贵族家主数日，房陵郡上庸县忽然传来的消息，给了他一记沉重打击。
以独孤氏为首的独孤派的私人部曲集结于上庸县，除了独孤氏的部曲以外，还有‘北周八柱国’后裔于氏、赵氏、侯莫陈氏，‘北周二十四将’后裔达奚氏、贺兰氏、田氏、常氏、怡氏、辛氏、梁氏、王氏、韦氏、韩氏、赫连氏、若干氏……林林总总计有三十二家，绝大多数都是‘八柱国二十四将’后裔。可见，根深蒂固的老牌关陇贵族始终是以独孤氏为首，并无几家买新兴贵族窦氏的账。
这既是独孤整用一生时间维护所致，也是老牌关陇贵族对新兴关陇势力的不屑，更关键是大隋王朝蒸蒸日上，而李唐王朝岌岌可危的处境，要是隋唐两朝易地而处，独孤氏绝不可能拉到这么多家族跟他们谋反。
值得李唐王朝庆幸的是参与叛乱的世家门阀数目虽多，但是很多家族的私人部曲要么还在益州，要么在路上，所以集结于上庸的军队只有三万余众，这是各家部曲心忧陷落于襄阳的家主，提前起事所致，要是再等上几天，恐怕就不止是三万人了。
这三万余名装备精良、训练有素的军队以独孤彦云为帅、独孤卿云为副帅，于仲文之子于钦明为左行军司马、贺兰师仁为右行军司马。
独孤彦云不负独孤澄之所望，他接管全军的第一步不是立即出兵，而是就地整编。
为了避免战事不顺之时出现哪家出力多、哪家出力少、哪家牺牲多、哪家牺牲少等等争论，独孤彦云索性将这些问题都摆到台面上说，和各家代表开诚布公的进行了商议、探讨。并提出了将全军打乱、打散，重新组建什、队、旅、团等作战体系的概念，目的是将三万余名将士凝成一支比较正规的军队，而不是三十多个小团体。如此一来，大家你中有我、我中有你，打仗的时候以军队的编制出击，就不会存在谁家出力多、谁家牺牲多、谁家打硬仗之类的纠纷了。
各家代表都是被家主提拔上来的出类拔萃之士，见识和能力远超常人，心知独孤彦云的顾虑很有必要，毫不犹豫就采纳了打散重编的建议，扣除各人的亲兵之后，得兵三万，然后效仿隋朝军制，成立六师，推出六名虎贲将军、十二名左右虎牙将军，六师之下设有三十卫，由各家主将推荐三十名鹰扬郎将、六十名左右郎将，校尉也由他们推荐上来，至于正副旅帅、正副队正、什长这种底层武官，由士兵们以武争夺。
经过两天时间的紧张整编、选拔，一支人数三万的正规军正式成立，他们打出了‘清君侧、除奸佞、正朝纲’的旗号，浩浩荡荡的杀向襄阳。
就在这支军队集结于上庸之际，县令见势不妙，第一时间派人往前襄阳，向李渊紧急汇报。
异常震惊的李渊紧急召集重臣在武德殿商议对策。
武德殿内，百多名文武重臣聚集一堂，将信函传阅一遍过后，空荡荡的大殿之内鸦雀无声、针落可闻。
李渊此时已经从震惊震怒之中回过了神来，他语气凝重的说道：“朕没料到自己最倚重、最信赖一群人，竟然背叛了朕、背叛了牺牲无数关中儿郎才建立起来的大唐王朝。朕明明知道他们有不轨之心，明明抓住了有利的证据，可也只是禁止他们行动而已，若是有心伤害他们，哪会等到现在还不下手？可他们呢？”
“他们不但不念朕之仁义，反而召集三万多名将士向大唐国都进军，‘清君侧’不过是一个冠冕堂皇的借口，这分明就是想推翻朕的大唐，将朕的人头和大唐江山献给杨侗，以求杨侗的宽恕。”
李渊愤慨之余，又感到恶心之极，当初他晋阳宫打起了‘清君侧’旗号，结果却被支持他反隋的独孤氏玩了一出‘清君侧’，这算什么？
报应吗？
他深吸了一口气，森然道：“对于这些背信弃义、忘恩负义之徒，朕不能容忍，更不想容忍，不杀不足以震慑宵小、不杀不足以平民愤。朕将诸位卿家召集至此，不是要你们献出妥协方案，而是希望大家群策群力，制定出一个稳妥的平叛之策。”
李渊的意思十分明显，那就是趁隋军到来之前，将这些参与叛乱的关陇贵族来他个一劳永逸。
李渊话音刚落，急于挽回忠臣形象的裴寂便站了起来，深深的行了一礼，十分恭敬的说道：“圣上，能否恩准微臣先说几句？”
李渊深深的注视了裴寂一眼，欣然点头道，“裴相国主动发言，朕深感欣慰，请说吧！”
裴寂大大的松了口气，恭恭敬敬的说道：“这些叛乱的关陇贵族私家部曲，家主都在朝廷之手，只需将他们的家主们押到阵前，让各位家主勒令本家私军弃械投降即可。臣以为各位家主现在虽然嘴硬，但谋反毕竟关系到他们一家老小的性命，为了保全合族性命，有些人想必答应去城上劝说。只要有人开了头，圣上可以适当的给予一点承诺，那么其他人自会效仿，至于一些顽固之徒，则可斩杀城上，以慑叛军和各位家家主之胆魄。”
“裴相国恩威并重之法深得朕心。”李渊点了点头，裴寂和他想法一致，但他还想多听一些意见。
见到大家皆在思索，李渊便将目光转向李世民：“晋王对这三万叛军，可有平乱方案？”
李渊之所以问李世民平叛之策，是因为李世民身为唐朝军方第一人，荆襄军队也多由他掌控，应该比谁都清楚当前局势。
李世民说道：“父皇，正如裴相国之前所言，我们可以用这三万叛军的家主迫降，这支军队不足为虑。他们前来襄阳，儿臣只会感到庆幸。”
“皇儿言之有理。”李渊欣慰地点点头，不过他见到李世民忧愁不减，心知他必有所虑之处。
只听李世民忧心忡忡的继续说道：“据儿臣所知，独孤派的军队在荆襄只是一部分。另外一部分还在益州，他们人人装备精良、训练有素，论起个人战力，朝廷精锐之师都要逊色几分，要是他们在益州造反，郡兵根本扛不住。儿臣现在最大担心就是益州这部分人东进，将巴东郡据为己有。”
“巴东郡真有这么重要吗？重要的原因何在？”李渊脸色凝重的问道。
“启禀父皇。”李世民皱眉道：“从古至今，三峡道上夷陵、秭归、巴东、巫山、人复、云安、南浦七县都必须要有重军驻防，任何一县被敌军占领，就能掐断益州和荆襄的联络。夷陵县有军队镇守，倒是不必担心，但是另外六个归巴东郡管辖的县城，属于我大唐的腹心之地，没有军队坐镇。儿臣在夷陵坐镇之时，也曾乘船勘察过秭归县地形。秭归县崖路狭窄，异常雄险，一次顶多只能投入两千兵力攻城，一旦秭归县失守，就算我们在百万雄师也拿它没有办法，而城中守军，只要几百人即可轻松守住一年半年。”
李渊皱眉道：“皇儿所虑值得重视，不过你说的巴东六县皆都易守难攻，只要及时通知西面南浦和云安二县县令，让他们小心戒备，益州叛军应该拿不下这二县。”
李世民点了点头，“这样儿臣就放心了。”
说到巴东，默不作声窦轨忽然想起了一事，紧张的问道：“敢问圣上，巴东郡守是何人？”
李建成见到父皇一时想不起来，连忙答道：“巴东郡守是马德文。”
“坏了坏了。”窦轨闻言，顿时面如土色，十分失态的大声道：“马德文，其实叫司马德文，乃是隋武帝骁果军虎贲郎将司马德戡的亲弟弟，他们祖孙三代都是独孤氏的家将。除了马德文以外，圣上还要防止其他地方官史、军中将领。我大唐王朝很多将官皆为关陇贵族子弟门生，或明或暗的担任要职，微臣觉得圣上应该立即下令清理独孤派安插在军中的暗中势力，免得在隋唐大战发生之时，出现临阵倒戈的祸事。”
李渊瞳孔急剧收缩，脸色亦是大变，他这边心潮起伏，大殿之上却已一片哗然。
窦轨这番话令李渊心头一片冰寒，同时也将问题直指核心之处，关陇贵族早在隋朝文武时期便对军队中渗透极深，尤其是杨广拉着军队到处开战的时候，关陇贵族心知杨广借战事消耗他们在军中实力，所有让很多子弟门生代明为暗，这让杨广无从查起，索性募民为“骁果”，然而还是被司马德戡等关陇贵族子弟门生渗透了进去。
昔日隋军如此，唐军也不例外，除了各个贵族的族人直接掌军之外，还有他们的门生、家将、世奴等也在军中为将，而且李渊的元从禁军跟杨广的骁果军一样，多是关陇子弟，他根本搞不清楚这里头到底有多少人和关陇贵族有关，有多少打算要他脑袋。
要是城中之军起兵呼应，根本不用隋军来打，襄阳就已经沦陷敌手了。
经过窦轨这么一提醒，李渊终于意识到问题的严重性，关陇贵族的私军之所以敢起兵造反，就是因为他们对大唐军队渗透极深，所以才这么有恃无恐。
“圣上，微臣以为今日之祸实非偶然…”这时，刘文静出列，神情严肃的说道：“要是不找到根源，并将之连根拔起，今天发生的叛乱，日后一定还会发生。”
李渊闻言，心下一片首凛然，郑重的问道：“刘相国这话的依据是什么？找到根源了吗？”
“微臣确实找到了病灶。”刘文静说道。
“刘相国速速道来。”
不仅是李渊，所有人的目前都瞄向了刘文静。
只见刘文静侃侃而谈的说道：“圣上，永嘉之乱至今，鲜有延绵两百年之王朝，数十年内发生改朝换代大小王国比比皆是。原因就是国家官制出现了问题、地方官府权力太大，地方官员将各地军、政、法、财纳为一体，称之为地方上的皇帝亦不为过。一些权势涛天的地方官员手里有兵有钱又有粮，便会滋生出不该有的野心，朝廷中枢稳定的时候还好，若是中枢一旦势衰，立马就会拉帮结派，威慑中枢，当他们吞并完了周边郡县，就会对进行发难，是以自永嘉之乱以来，鲜有两百年国运之王朝。如果将兵权、行政权、执法权全都集中于朝廷，天下自然就会太平无事了。”