独孤整死了，被三支毒箭射死在独孤府百丈之外，当消息传出，在李唐朝野引起了轩然大波。李渊下旨将京兆尹于氏家方于筠革职查办，由兵部尚书赵孝慈接任，又令刑部、御史台和大理寺会审独孤整被刺杀的原因，此案由刑部牵头，三司各抽精干之士联合调查，限定十天查清凶手。
李渊又令太子李建成前去慰问独孤氏，以示自己对舅父的诚挚哀悼，追赠他为郑国公、加封上柱国，准许独孤氏以国公之礼厚葬独孤整。在收棺大殓之日，李渊卸下龙袍，以外甥这个私人身份下跪拜祭，可谓是关怀备至，赢得李唐朝野上下一片赞誉，皆赞李渊皇恩浩荡、仁义至孝。
五天后，刑部拿出了比较详实的调查方案，并指出独孤整极有可能是被李密谋杀，理由有三：一是射中独孤整之冷箭是榆木制成，这是李密内军的专门箭杆；第二个理由是在案发前一天，有三名南方口音的男子在凌云酒坊要了一间客房，并询问独孤府所在，然后有人看到他们在独孤府附近徘徊了很久，案发之后，他们再也没有回到凌云酒坊，他们离开得比较匆忙，连行李都没有回来取，他们的衣服料子产自江南。
第三个理由更为合理，说是房玄龄的到访，让李密担心隋唐休战，致使隋军全力攻魏，所以为了破坏隋唐缔结合约，李密企图嫁祸隋朝。
当然了，这三个理由都比较牵强，缺乏直接有力的证据来证实，所以无法出具正式证明，但无论如何，调查都将矛头指向了李密。各种说法也因此在襄阳传播，但官方始终没有一个正式的说法，而在有心人的引导下，各种传言越来越变得荒谬。
……
尽管襄阳城内众说纷纭，但是对于李渊而言，他已经顾及不到城中的混乱了，只因房玄龄离开不久，周边的隋军便压向了唐境。这一次，除了南阳、淅阳方向没有异动之外，汉川、顺政、汉阳、临洮等地隋军时不时的在大唐边城耀武扬威，虽然没有正式开打，但动不动就一箭飞上城头，挑衅意味十足，使求援之信如雪花一般送到了襄阳。
这其实也是杨侗所执行的战略欺骗，目的是让李密以为隋朝秉承先唐后魏的战术，同时也是为了进一步逼迫李渊，以让李唐更快的陷入内乱之中，不让李渊有充足的时间对关陇贵族采取温水煮蛙的温和手段。
李渊的主力尽皆驻扎在荆襄一带，巴蜀虽不至于是兵力空虚，但除了各个边郡之兵，内部也只有郡兵而已，这些不经战事、久疏战阵的巴蜀军根本抵御不了身经百战的隋军，如果巴蜀丢失，李渊就只剩下荆襄五郡了。这是李渊绝不能容忍的事情，那么李渊在四面受敌的情况下，他会抽调哪里的军队回防巴蜀？捉襟见肘的荆襄之军显然不可能，一是时间上来不及，二是身为帝都的襄阳也一样重要，不能有失。如果他调荆襄军入蜀，那么汉水防线便会出现致命的漏洞，隋军只需破开汉水大堤，便能水淹西城，第七军顺流而下，占领西城郡和房陵，继而占领巴东，掐断巴蜀和荆襄的联系，致使荆襄得不到巴蜀的一粒粮食、一名援军。与此同时，淅阳和南阳方向的军队也可以直指襄阳。所以摆在李渊眼前的只能继续在巴蜀强行征兵，必然引导致李唐局势进一步恶化，而杨侗就是要李渊走出这一步臭棋，营造出穷兵黩武的局面。
面对来自巴蜀的求援之信，李渊不得不推翻刘文静之前的推断，认为隋军是真的对自己下手了，可是他想驰援巴蜀的时候，竟发现拥有三十多万大军的自己竟然兵力不足，无军可派。
在御书房中竖起了一个大木架，一块木板上钉着一幅李唐疆域图，白旗代表唐军兵力部署，而红旗则代表隋朝的兵力情况，陈叔达和刘文静在给李渊分析各地局势，入宫禀报的李元吉站在一旁，似乎想说什么，却又因为顾虑到旁边在外人在，不好说出口，只能耐心的等待着。
“圣上也不用太过着急，我们本来就危机四伏，现在只是危机真正降临了而已，其实真实的处境和之前区别不大，只要我们借助山川之便，应对得当，依旧可以坚持得下去。”
陈叔达一边安慰李渊，一边用木杆指着木架上的地图，沉声解释道：“目前我们在汉水防线投入了十二万军队，包括襄阳、夷陵的新兵在内，荆襄计有二十二万之多；在清化、义城、武都、宕昌、同昌各有一万；蜀郡的两万新兵和通川、巴西、普安、平武、汶山各郡的五千郡兵，是巴蜀的第二道防线，以及后援。加上襄阳两万元从禁军、两万新军、一万武川卒，共有大军三十八万左右，这就是我大唐的全部兵力。”
“隋军现在虽然大举来犯，一时之间虽然有些出人意料，却也在我们的意料之中，只是来得太过突然，让我们慌了手脚。但巴蜀山川险峻，隋军一时也攻不下来，我们可以将通川和巴西的郡兵支援清化、普安支援义城、普安和平安支援武都、汶山支援宕昌，蜀郡的两万新兵则移到巴西郡，随时支援出现破绽的防线，这样虽然使这六郡没有驻军，但只要外围防线在手，隋军也飞不过来。”
“其实我军如果防守得力，不仅可以稳住局势、以战练兵，甚至还可以借助山川地利之便歼灭一部分主战隋军，战事拖得越久，隋军的兵力、士气、作战意志消耗越大。反观我军，则是士气越高、慢慢向精锐之师蜕变。我大唐只有隋朝一个敌人，而杨侗还有李密、林士弘等敌人，要是隋军在某处战场出现重大失误，各路诸侯不用我大唐联络，便会不约而同的反攻，虽不至于让隋军全线溃败，但是对于我们来说，至少获得了宝贵的喘息时间，军队也在战斗中得到成长。接下来拼的就是韧劲和国力了。”
“今之杨侗，宛若气势如虎、睥睨天下的曹操，可后来屡屡被东吴、蜀汉反攻，赤壁之战的损失惨重是一个原因，另一个原因是曹魏上下杀伐半生，这股气势一泄，便沉浸于安乐之中，失去了以往奋进之志。反观生活在曹魏的威压之下的蜀汉、东吴，他们总是有一股焦虑感，总是拼命驱赶自己走向强盛，气势和争胜之心在此消彼长之下，反攻之事自然也就越来越多。”见李渊面色苍白，害怕之极，陈叔达便拿三国之事前来安慰。
刘文静也说道：“巴蜀易守难攻，只须派遣善战之将居中调度即可无碍，而身为大唐核心所在的荆襄才是重中之重，微臣以为他们是要把巴蜀之军拖在巴蜀，无法支援荆襄，不过我们虽然不能调巴蜀大军，但是晋王在夷陵的七万大军，至少有五万人可以随时调动，这五万军不管是投向巴蜀也罢、投向荆襄也好，甚至还能以围魏救赵之策反攻南郡，在舂陵军的掩护之下，占领沔阳、江夏、永安、安陆、义阳和汉东等郡。所以微臣再三劝说圣上在夷陵组建第二道防线，原因就在于此。”
如果说陈叔达的话给了李渊一点安慰，那么刘文静的反攻设想，却让李渊心生厌恶，他猛然起身，怒道：“疆土丢了，至少还有军队，军队丢了，一了百了。五万新兵能占领南郡、沔阳、江夏、永安、安陆、义阳和汉东？这简直是天大的笑话，朕也打仗过，不是不知兵事的蠢货。”
刘文静吓得不敢再发言，归根到底，还是皇帝让杨侗打怕了，已经失去进取之心，现在不但不敢打，甚至挑战杨侗的底线都不敢。
李渊似乎到自己的语气不好，叹息了一声，缓缓的说道：“朕也想扩军百万、也想反攻，恨不得明天就可以收复关中、收复并州，打到洛阳…但是我们没有钱粮、没有人口…朕能怎么办？现在我们只能稳住一阵子，把军队训练强大了再说反攻之事。”
他见李元吉向自己不断的使眼色，顿时脸一沉道：“有话直说，是否合理朕会做主！”
李元吉上前一步，道：“父皇，荆襄和巴蜀并非没有人口，并非没有兵源，关键是看父皇能不能下决心。”
李渊皱眉道：“哪来的兵源、人口？”
李元吉恭恭敬敬的说道：“父皇，在大业大乱中，北方大地遭到极大破坏，大量人口逃离战乱之地，南阳平原人口最多的时候就有四百多万人，这里是吃人魔王朱粲主要活动的范围，在他的破坏之下，百姓纷纷四散而逃；当时李密和王世充又在大战，而萧铣治理的荆州却比较安静，于是百姓主要都是逃到了襄阳、舂陵、房陵等郡。而巴蜀，也接纳了很多关中流民，可是据儿臣所知，这些人始终没有登入官籍之中。若是我们效仿隋文帝，在荆襄和巴蜀严厉的执行‘输籍法’，怎么说也能获得两三百万人吧？人有了，税赋、兵源不用愁。”
一番话说得李渊怦然心动。
这个‘输籍法’是隋文帝制定各户等级和纳税标准的办法，他利用这一手段搜括隐藏户口，以防止百姓逃税和抑制士族、豪强占有人口，从而确保朝廷收入，加强集权
当时的天下经过几百年动荡，使户口隐漏日趋严重，世家大族、豪绅富户荫蔽了大量无地或少地的百姓，朝廷直接掌握劳力极少。尤其是打来打去的北方，由于有未婚者只缴一半租税的规定，致使地方户籍出现了一家只有一人的登记情况。有的世家门阀，一户之内藏匿数百家，人数多达十多万，朝廷赋税收入因此而锐减。此外，不少百姓为了逃避繁重的赋税徭役，或在法定服役年龄弄虚作假，或是隐瞒户口。这些现象严重影响朝廷的赋税徭役，削弱了朝廷的力量，同时也使均田制很难付诸实际。
文帝先在北方清查户口，整顿户籍，编制“定簿”，以此为依据来收取赋税。仅在开皇三年这一年，就清理出包括五十万丁男在内的一百六十多万人。
开皇五年，尝到甜头的隋文帝在全国大索貌阅，核点户口。所谓“大索”就是清点户口，对在籍编户成员的姓名、出生年月、相貌和身体特征都详细记录在册；所谓“貌阅”，则是将百姓与户籍上描述的外貌一一核对，验明正身。规定凡出现户口不实的情况，地方官吏里正、保长、党长要被流放，处罚相当严厉。同时又规定凡堂兄弟以下亲属同族必须分户，大大增加朝廷的财政收入，壮大了隋朝国力。
但大索貌阅并没有从根本上改变世家门阀和朝廷争夺人口的现实，只要朝廷有赋税徭役，就不可能从根本上有所好转。在这种情况下，文帝采纳了高颎的建议，实行了“输籍之法”。即由朝廷制定“输籍定样”（划分户等标准），每年正月五日县令派人出查，令百姓五党（五百家）或三党（三百家）为一团，以“输籍定样”标准重新划分户等，以作为征调赋税、力役依据。由于朝廷规定的赋税、力役远低于世家门阀对佃农的剥削量，致使许多依附在世家门阀的佃农纷纷脱离，主动向官府申报户口，领走国家发放的土地，按规定纳税服役，成为朝廷的正式编户。
大隋立国之时，全国人口不足400万户，而到了仁寿四年，在册的已经高达890万户，人口超过5500万，通过这些庞大的人口基数，开皇九年垦田地2000多万顷，大业中期已垦田地高达5585万顷，而这还只是清查佃农所得的人口，以及官方土地，世家门阀的土地和藏匿的人口并没有算计在内。